曾經有一次基因檢測的機會擺在我面前,我沒有珍惜,等我得病的時候我才後悔莫及,人世間最痛苦的事莫過於此。如果上天能夠給我一個再來一次的機會,我會說
三個字:我要做。如果非要給這個基因檢測加一個範圍,我希望是……全基因組!
此刻,我懷著沉重的心情來寫下這個病例。
這個故事的前傳在這裡:《如何做一個聰明的病人家屬》(點擊可看)
上次,那個糾結的病人家屬已經很明白我們的全基因組定序是個啥東西了,但到了自己,一直在糾結是不是該給自己做一個。
不是錢的問題,她很有錢。有錢人,腦子一般轉得比較快,考慮的問題比較多。
只是這一考慮,一年半過去了。現在,她自己成了病人。
胃間質瘤(GIST),還是核分裂相較高的,屬於高危型。她的主治醫生說復發概率很高。
科普一下,胃間質瘤(Gastrointestinal stromal tumors,
GIST),屬於肉瘤類(sarcoma),嚴格來說和我們普通知道的癌症(carcinoma)不一樣。Sarcoma來源於間葉組織,而Carcinoma來源於上皮組織。所以這兩類腫瘤特性完全不一樣,治療方案也很不一樣。
查了一下美國NCCN
2018指南,對GIST的治療裡面完全沒說化療的事,就是說化療沒意義,只能採用標靶治療。既然是標靶治療,那就得看基因突變了。按NCCN
2018指南,需要測KIT, PDGFRA,
SDH三個基因,如果有可用藥的突變,就可以使用imatinib(伊馬替尼,商品名「格列衛」——對,就是《我不是藥神》裡面的那個藥)。如果imatinib沒用,那麼接下來是Sunitinib,再失效的話用Regorafenib,再不行的話……那也就沒轍了。
再查一下亞洲的GIST處理流程,和NCCN 2018一樣
這時候她慌神了,要測基因?測!所有 項目都測!
當然,現在測基因是為了找藥,不是評估疾病風險了。
醫生很給力地切下來了腫瘤,並製作成了高質量的FFPE切片。我們公司的同事們也非常給力,用這些切片做出了自長弓成立以來質量最高的FFPE定序數據集,各項質控指標幾乎都達到了理論值。根據這麼高質量的定序數據集,我們通過雲平台的計算,很快得出了可靠的結論——
KIT, PDGFRA, SDH三個基因沒有任何體細胞突變。這意味著imatinib不適用。
此時,醫生那邊的消息傳來,試用imatinib,無效。這證實了基因檢測的結果。
醫生甚至說:90%的病人都可以用藥的,你偏偏就是那10%,還是最惡性的那種。
高核分裂相的復發風險很高。一旦復發,基本無藥可用。指南上說的 Sunitinib 和
Regorafenib,醫生說副作用非常大,而且作用很有限,不推薦使用。
很快,手術做了,把腫瘤切掉。由於腫瘤已長得挺大了,所以只好將發病部位賁門給整個切掉了。這是指南規定的動作。
沒有了賁門,胃酸會不受控制地返流到食管,灼燒食管,甚至返流到口腔裡。如果躺著的話,呼吸道都有危險。
所以她只能坐著睡覺。每天。
這痛苦,想想也夠了。
可是還有一個問題:她才39歲,為什麼會得胃間質瘤?
從用藥指導基因檢測報告上我們發現一個germline mutation:
「變異類型」標註為「可能良性突變」(likely
benign)——這是ClinVar數據庫的說法。ClinVar關於這個突變的證據裡面,明確有癌症遺傳易感性的標示。
這個突變會導致184位的Gly變成Arg,氨基酸性質發生了重大改變。如果它恰好在蛋白質結合配體的結構域裡面,很可能造成重大的構象變化,從而使得蛋白質的功能發生重大改變。
於是查一下這個基因編碼的蛋白質是 Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial
,是一個線粒體蛋白質,催化一個很重要的反應:
查Interpro數據庫看結構域:
184位正好在FAD/NAD(P)-binding
domain的正中間!這裡氨基酸的性質發生了重大改變,很顯然會改變這個結構域的構象!
為了驗證這個猜想,再快速做一個突變結構預測:
預測都是會嚴重改變構象。
至此,生物資訊學的計算基本上已經確認這個突變會帶來疾病風險,而且正是胃間質瘤。
不僅如此,我們的同事們還用她的定序數據做了15種腫瘤的疾病風險預測,結果——
「風險略高」的可以不管它,唯一風險較高、需要注意的,正是胃癌!
再看細項,與胃癌高度相關的PSCA基因裡面,6個位點是高危型,而且均是純合!連拮抗的機會都沒有!
同事又做了營養代謝基因的分析,結果(所有結果太多了,這裡只列出幾項來):
苯代謝能力較弱,意味著苯系化合物容易在身體裡面累積而致癌。苯系化合物的累積最容易導致的就是內胚層和中胚層起源的腫瘤,包括白血病,也包括肉瘤類,當然也就包括胃間質瘤。
她家裡從一年前就開始斷斷續續地裝修!
至此,她這麼年輕患病的原因也可以解釋了。
所以,如果她一年半前知曉我們的全基因組疾病風險評估,就下決心做了,這些結果都會呈現出來(出生第一天做和死前最後一天做,結果是一樣的)。
知道胃癌、胃間質瘤的遺傳風險大,她完全可以改掉吃貨的習慣,少吃刺激胃腸的食物;知道苯代謝能力弱,裝修的時候就儘可能不要去現場,裝修完了之後也要徹底放味半年到一年後再入住。
既然知道胃部腫瘤風險大,那麼早就可以每年甚至半年一次胃鏡,早發現早切除,不至於拖到腫瘤長那麼大,只能大範圍切除,那麼痛苦。還拖到核分裂相那麼高,即便切除也極容易復發。
現在,一切都晚了!!
她現在一個月的藥費,就夠她在健康時做兩次全基因組的疾病風險評估!而這些藥物,她必須一直吃下去……
曾經有一次基因檢測的機會擺在我面前,我沒有珍惜,等我得病的時候我才後悔莫及,人世間最痛苦的事莫過於此。如果上天能夠給我一個再來一次的機會,我會說三個字:我要做。如果非要給這個基因檢測加一個範圍,我希望是……全基因組!
趁著健康,來我們這裡做個全基因組的檢測吧,知己,知未來。
作者:張弓