曾經有一次基因檢測的機會擺在我面前，我沒有珍惜，等我得病的時候我才後悔莫及，人世間最痛苦的事莫過於此。如果上天能夠給我一個再來一次的機會，我會說
三個字：我要做。如果非要給這個基因檢測加一個範圍，我希望是……全基因組！
此刻，我懷著沉重的心情來寫下這個病例。
這個故事的前傳在這裡：《如何做一個聰明的病人家屬》（點擊可看）
上次，那個糾結的病人家屬已經很明白我們的全基因組定序是個啥東西了，但到了自己，一直在糾結是不是該給自己做一個。
不是錢的問題，她很有錢。有錢人，腦子一般轉得比較快，考慮的問題比較多。
只是這一考慮，一年半過去了。現在，她自己成了病人。
胃間質瘤（GIST），還是核分裂相較高的，屬於高危型。她的主治醫生說復發概率很高。
科普一下，胃間質瘤(Gastrointestinal stromal tumors,
GIST)，屬於肉瘤類(sarcoma)，嚴格來說和我們普通知道的癌症(carcinoma)不一樣。Sarcoma來源於間葉組織，而Carcinoma來源於上皮組織。所以這兩類腫瘤特性完全不一樣，治療方案也很不一樣。
查了一下美國NCCN
2018指南，對GIST的治療裡面完全沒說化療的事，就是說化療沒意義，只能採用標靶治療。既然是標靶治療，那就得看基因突變了。按NCCN
2018指南，需要測KIT, PDGFRA,
SDH三個基因，如果有可用藥的突變，就可以使用imatinib（伊馬替尼，商品名「格列衛」——對，就是《我不是藥神》裡面的那個藥）。如果imatinib沒用，那麼接下來是Sunitinib，再失效的話用Regorafenib，再不行的話……那也就沒轍了。
再查一下亞洲的GIST處理流程，和NCCN 2018一樣
X
這時候她慌神了，要測基因？測！所有 項目都測！
當然，現在測基因是為了找藥，不是評估疾病風險了。
醫生很給力地切下來了腫瘤，並製作成了高質量的FFPE切片。我們公司的同事們也非常給力，用這些切片做出了自長弓成立以來質量最高的FFPE定序數據集，各項質控指標幾乎都達到了理論值。根據這麼高質量的定序數據集，我們通過雲平台的計算，很快得出了可靠的結論——
KIT, PDGFRA, SDH三個基因沒有任何體細胞突變。這意味著imatinib不適用。
此時，醫生那邊的消息傳來，試用imatinib，無效。這證實了基因檢測的結果。
醫生甚至說：90%的病人都可以用藥的，你偏偏就是那10%，還是最惡性的那種。
高核分裂相的復發風險很高。一旦復發，基本無藥可用。指南上說的 Sunitinib 和
Regorafenib，醫生說副作用非常大，而且作用很有限，不推薦使用。
很快，手術做了，把腫瘤切掉。由於腫瘤已長得挺大了，所以只好將發病部位賁門給整個切掉了。這是指南規定的動作。
沒有了賁門，胃酸會不受控制地返流到食管，灼燒食管，甚至返流到口腔裡。如果躺著的話，呼吸道都有危險。
所以她只能坐著睡覺。每天。
這痛苦，想想也夠了。
可是還有一個問題：她才39歲，為什麼會得胃間質瘤？
從用藥指導基因檢測報告上我們發現一個germline mutation:
「變異類型」標註為「可能良性突變」(likely
benign)——這是ClinVar數據庫的說法。ClinVar關於這個突變的證據裡面，明確有癌症遺傳易感性的標示。
這個突變會導致184位的Gly變成Arg，氨基酸性質發生了重大改變。如果它恰好在蛋白質結合配體的結構域裡面，很可能造成重大的構象變化，從而使得蛋白質的功能發生重大改變。
於是查一下這個基因編碼的蛋白質是 Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial
，是一個線粒體蛋白質，催化一個很重要的反應：
查Interpro數據庫看結構域：
184位正好在FAD/NAD(P)-binding
domain的正中間！這裡氨基酸的性質發生了重大改變，很顯然會改變這個結構域的構象！
為了驗證這個猜想，再快速做一個突變結構預測：
預測都是會嚴重改變構象。
至此，生物資訊學的計算基本上已經確認這個突變會帶來疾病風險，而且正是胃間質瘤。
不僅如此，我們的同事們還用她的定序數據做了15種腫瘤的疾病風險預測，結果——
「風險略高」的可以不管它，唯一風險較高、需要注意的，正是胃癌！
再看細項，與胃癌高度相關的PSCA基因裡面，6個位點是高危型，而且均是純合！連拮抗的機會都沒有！
同事又做了營養代謝基因的分析，結果（所有結果太多了，這裡只列出幾項來）：
苯代謝能力較弱，意味著苯系化合物容易在身體裡面累積而致癌。苯系化合物的累積最容易導致的就是內胚層和中胚層起源的腫瘤，包括白血病，也包括肉瘤類，當然也就包括胃間質瘤。
她家裡從一年前就開始斷斷續續地裝修！
至此，她這麼年輕患病的原因也可以解釋了。
所以，如果她一年半前知曉我們的全基因組疾病風險評估，就下決心做了，這些結果都會呈現出來（出生第一天做和死前最後一天做，結果是一樣的）。
知道胃癌、胃間質瘤的遺傳風險大，她完全可以改掉吃貨的習慣，少吃刺激胃腸的食物；知道苯代謝能力弱，裝修的時候就儘可能不要去現場，裝修完了之後也要徹底放味半年到一年後再入住。
既然知道胃部腫瘤風險大，那麼早就可以每年甚至半年一次胃鏡，早發現早切除，不至於拖到腫瘤長那麼大，只能大範圍切除，那麼痛苦。還拖到核分裂相那麼高，即便切除也極容易復發。
現在，一切都晚了！！
她現在一個月的藥費，就夠她在健康時做兩次全基因組的疾病風險評估！而這些藥物，她必須一直吃下去……
曾經有一次基因檢測的機會擺在我面前，我沒有珍惜，等我得病的時候我才後悔莫及，人世間最痛苦的事莫過於此。如果上天能夠給我一個再來一次的機會，我會說三個字：我要做。如果非要給這個基因檢測加一個範圍，我希望是……全基因組！
趁著健康，來我們這裡做個全基因組的檢測吧，知己，知未來。
作者：張弓