上個月,承啟/長弓團隊及其客戶北京航空航天大學王曉剛研究員等的共同研究,發現了一個在成骨細胞特異表達並能促進成骨細胞分化的新長鏈非編碼RNA(lncRNA)分子,研究成果以「The Long Noncoding RNA lnc-ob1 Facilitates Bone Formation by Upregulating Osterix in Osteoblasts」(長鏈非編碼RNA分子lnc-ob1通過上調成骨細胞中的Osterix促進骨形成)為題,於2019年4月8日在線發表於Nature Metabolism(文章詳見「閱讀原文」)。
值得關注的是,這不是一篇簡單的Nature子刊論文,而是Nature Metabolism第一次接受中國學者作為通訊作者!知名專業媒體iNature評述:「有里程碑意義」。
後台就不斷收到小夥伴詢問:「我急著畢業/評職稱/申請基金,想趕快發文章,有木有快速發文章的秘籍?」,秘籍告訴你們了那還能是秘籍嗎?奈何扛不住你們的狂轟濫炸,在此雙手奉上:用精準定序快速發文章的經典套路。
快速發文「四句真經」:提高思維層次、勿過於糾結、會花錢、掌握套路捷徑。
提高思維層次
懂得使用便宜好使的
大殺傷力武器
設想一個場景:今日有朋自遠方來,打隻兔子招待人家,如何快速打到兔子?
你想著持一上好弓箭讓兔子一命嗚呼,可兔子也不是省油的燈,嗖的一箭未中,兔子跑得飛快,再射一箭,兔子鑽洞裡去了。
這就叫:開葷基本靠蒙。
或者用另一個方案:推出一個火箭炮,向著兔子藏身的樹林閉著眼睛猛轟一通,然後去林子裡把兔子撿回來就行,保準撿得到,而且直接是烤熟的,香噴噴!
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說到這,有小夥伴急了:能用火箭炮我會用弓箭?這不是錢包不允許嘛!非也非也,不然怎麼說要提高思維層次呢。看組數據:國際比賽弓箭:20000RMB起;107火箭炮;6000RMB;炮彈1200RMB。
107火箭炮有多便宜,你看看經濟不咋發達的非洲就知道了。人家的黑蜀黍打仗都在使勁打107火箭炮,以至於這款武器與AK47、RPG並稱「世界三大游擊隊神器」。
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發文章就如同打兔子:
RT-PCR、WB等,一次只能一個或者幾個做,幾十個基因重複做可能需要幾萬RMB;而大規模定序(NGS),一次全面檢測,閉著眼睛測完,關鍵基因一定在這裡面,但費用要低得多。
先別急著懷疑,再往下看:
複雜共生體系,連參考基因組都沒有,直接宏轉錄組定序分析,找到紫根水葫蘆淨水的關鍵功能基因,一測就發。
還有還有,關於新的功能蛋白怎麼研究?翻譯組定序迅速找到肺炎鏈球菌裡面的新的轉鐵蛋白!
隨便一支進口抗體就要3000-4000元,都夠測好幾回序了。據說現在聰明的科學家都是「一言不合就定序」的style。
勿過於糾結
在你拗價格的時候,
對手可能已經把事情做完了
學生著急畢業,從定序到投文章3個月。2016年10月中旬定序,2017年1月11日投稿。
如果搶占人類蛋白質組計畫制高點,僅需2個月即可!2013年6月25日確定方案,2013年7月定序,9月2日就能投稿!
還在對比火箭炮與弓箭哪個價格貴的小夥伴醒醒了,再糾結下去人家文章已經見刊了……
會花錢
捨得把錢花在對的地方,
其實是省錢
定序結果驗證率低無疑是定序遇到最麻煩的事情。
突變無法驗證了、基因表達檢測假陽性和假陰性率高了、不同實驗室不同的儀器測出來的結果難以重現了等等,再充裕的經費也經不起這些問題的來回折騰。為什麼?驗證不出來啊,一次不行,再來一次,再來一次,錢就這樣打水漂了……
這可是棘手問題,也能解決?敲黑板了,承啟生物專治疑難雜症,用獨家技術解決!
全球獨家FANSe系列超高精度算法,mapping 錯誤率低至10-6,是目前世界上第一種可預估錯誤率的mapping算法,精度有理論保證!也可以說,FANSe理論上已經基本沒有繼續提高的空間了。
使用FANSe,就可以無需做重複了。細胞系:無需重複;純係動物:5只混樣一次定序;臨床樣本:>15人混樣一次定序。
童叟無欺,有例為證:臨床樣本30個人混樣一次定序無重複,測了mRNA, miRNA, DNAmethylation,節省費用!
學生著急畢業的那一篇,使用FANSe算法分析的定序結果,進行功能驗證實驗,一次成功,每一分錢都花在了刀刃上!
當然,也有土豪客戶執意要對細胞系做三重複,然後得到了這樣的圖:
這柱子平的……比飛機場還平……
誤差小到什麼程度?轉錄組定序的定量誤差53ppm(就是0.0053%),翻譯組定序的定量誤差150ppm(就是0.015%)。這誤差線都沒法畫,因為畫了根本看不見,說有誤差誰信?所以只好把三重複都畫成柱狀圖,並提供全部原始數據供驗證,才算是讓刁鑽的評審專家信服真有這麼精確的定序!
這種精度下,還要個啥重複……混樣測就拉倒了。
文章是如下這篇,槓槓的一區文章。
原來是著急畢業,現在呢,還沒畢業就被各大科研機構爭搶。
話說回來,最開頭說的那篇里程碑式的Nature Metabolism,也是無重複混樣定序的!基於FANSe的無重複混樣定序已得到頂級刊物的認可!
無重複混樣定序一般做出來火山圖較為細長,但結果忒准,最後驗證出來是王道,槓槓滴~
有小夥伴就要問了:上面說的都是RNA研究的,我研究基因組的,也能有這麼高的驗證率嗎?
基因組當然不在話下!
同樣是學生著急畢業之作,一年不到做完的。
對臨床分離細菌的基因組進行定序,找突變並修正NCBI中參考基因組序列。然後一代定序地毯式驗證1994個位點,無一假陽性、無一假陰性;而傳統算法則錯漏百出。
全部驗證結果見鏈接:https://pubs.acs.org.ccindex.cn/doi/abs/10.1021/pr500369b
另一個例子:台灣長庚大學的研究團隊做鼻咽癌的全外顯子組定序,找CNV(拷貝數變異)。承啟的定序服務讓研究者所關注的所有基因均能被實驗驗證,順利發表於Journal of Experimental & Clinical Cancer Research雜誌上,IF=6.22:
有關這篇文章的詳細情況,請參見《承啟精準定序服務享譽海峽兩岸》(點擊閱讀)。
快速發文「四句真經」今天就介紹到這。
科研海茫茫,還要發文章,希望今天的秘籍能給小夥伴們帶來快速發文章的啟發。細心的小夥伴發現才講了三句?不急不急,重磅大招咱們下周傳授。不見不散!